מזה כארבעים שנה עוסק ד”ר מייק נפתלי בניהול והובלת ארגוני חברה אזרחית, פיתוח קהילתי ופיתוח בינלאומי, פיתוח תכניות לילדים נוער בסיכון, יזמות חברתית ועסקים חברתיים, ובפיתוח מנהיגות מעצבת והובלת שינוי חברתי באמצעות האמנויות. תחום מרכזי בפעילותו המקצועית, הציבורית והחברתית הינו העשייה הפרו חברתית בכלל והמעשה ההתנדבותי בפרט.
לאורך השנים כיהן ד”ר נפתלי במיגון רחב של תפקידים ציבוריים בישראל ובכללם כיו”ר  המועצה הלאומית להתנדבות בישראל (ע.ר.) (2003-2005),  כיו”ר ומייסד טופז – ליזמות וחדשנות חברתית (ע.ר.) (2000-2017, כיו”ר ומייסד ברית עולם – להתנדבות ופיתוח בינלאומי (ע.ר.) (2006-2017) , כיו”ר ומייסד אינספיריישן – המרכז לאמנות, מנהיגות ושינוי חברתי (ע.ר.) (2011-2017) וכיום מכהן כנשיא שלושת העמותות הפועלות במשולב ובהליכי מיזוג.
ד”ר נפתלי היה ממייסדי SID  (Society for International Development) – סניף ישראל ( ע.ר.)  ובמשך כחמש שנים כיהן כסגן יו”ר, ויו”ר הפורום המקצועי לפיתוח בינלאומי.
ד”ר נפתלי היה עמית מיסד ויו”ר משותף של עמותת נתן – הקואליציה הישראלית לסיוע הומניטארי בין לאומי (ע.ר.) , העוסקת בסיוע הומניטארי בזירות אסון וחירום, וכיום מכהן כחבר בוועד המנהל של העמותה.  בנוסף ד”ר נפתלי לקח חלק פעיל בהקמתן ובפיתוחן של עמותות רבות העוסקות בקידום נושאים חברתיים בישראל. ד”ר נפתלי היה יזם “מיזם ההתנדבות הישראלי” (2017-2010) שבמהלך השנים התפתח והתייצב כ”רשת ההתנדבות הישראלי” וכיהן כיועץ אסטרטגי של המיזם בשנים 2011-2015. . ד”ר נפתלי מכהן גם כיו”ר הפורום האקדמי ליזמות חברתית באוניברסיטת תל אביב ונמנה על מייסדיה. ד”ר נפתלי מתנדב פעיל (אחת לשבוע) בעמותת אנוש מאז 1980 בליווי אישי של נפגע נפש כרוני.
בתפקידיו המקצועיים ומנכ”ל עמותת עלם – העמותה לנוער במצבי סיכון (מנכ”ל מייסד בין השנים 1984-2004) וכן כמנכ”ל  עמותת אנוש – האגודה הישראלית לבריאות הנפש (1980-1983) (כמנהלה המקצועי הראשון)
ד”ר נפתלי עובד כיום כיועץ עצמאי, בנושאי התנדבות, יזמות חברתית ויזמות חברתית עסקית, קידום מנופי צמיחה לארגונים חברתיים, ייעוץ אסטרטגי ופיתוח ארגוני החברה האזרחית. בנוסף הוא מלמד במסגרות אקדמיות והכשרתיות שונות ובכללם אוניברסיטת תל אביב (בפקולטה למדעי החברה ובבית הספר לעבודה סוציאלית – במסגרת לימודי התואר השני הבינלאומי במצבי דחק וטראומה) וכן הוראה בחו”ל – בעיקר במדינות מתפתחות ובחבר המדינות העצמאיות (ובכלל זה במסגרת מש”ב – משרד החוץ ובמסגרת ארגונים יהודיים בין לאומיים שונים).
ד”ר נפתלי הינו שיט חובב מזה קרוב לחמישים שנה, וכשכזה שילב את אהבתו לשיט בפיתוח כמה וכמה מיזמים חברתיים, ובכלל ייזום והקמת “מיזם בן גלים“, לטיפול ושיקום בני נוער עוברי חוק במסגרת עמותת על”ם (2001) (הוסטל קהילתי בהרצליה), הפעלת תכניות העצמה לבני נוער מאומצים, פעילות לקידום תכניות לשיקום אסירים משוחררים באמצעות פעילות ימית, עבודה בין תרבותית ובכללה עבודה עם קבוצות ישראליות ופלסתינאיות (במסגרת עמותת “מפרשי שלום”, שהוקמה על יד השייט המנוח רמי אנדרי רודן ועוד.
במסגרת הוראת לימודי היזמות החברתית, החברה האזרחית וייעוץ ארגוני בתחום המגזר השלישי, מתמחה ד”ר נפתלי בנושאי ניהול אלכ”רים, יזמות חברתית , תכנון חברתי ותכנון אסטרטגי, פיתוח קהילתי ועבודה קהילתית, ארגוני רווחה, פיתוח משאבים ופיתוח יזמות חברתית ויזמות חברתית – עסקית,  פיתוח שותפויות ויחסים בין מגזריים, פיתוח ההון האנושי בארגונים הפועלים שלא למטרות רווח, טיפוח והעצמת הנהלות ציבוריות; התנדבות וארגוני מתנדבים; ניהול מתנדבים, עשייה פרו חברתית ואקטיביזם חברתי, פיתוח בין לאומי , סיוע לאוכלוסיות מודרות ולפליטים ועוד.
בתחומי הוראת הטיפול בילדים ונוער עוסק ד”ר נפתלי בהוראה ומחקר בנושאים הבאים: גישות לתכנון שירותי נוער בסיכון, מדיניות נוער, חדשנות ויצירתיות בעבודת נוער, יזמות עסקית ויזמות קהילתית בתחום הנוער, טיפול במתבגרים במצבי סיכון ועזובה קיצוניים, פיתוח מערכות מידע ממוחשבות לניהול ובקרה של שירותי נוער, פיתוח וארגון מודלים קהילתיים ויישוביים בעבודת נוער, גישות התערבות בלתי פורמליות בעבודת נוער, גישות לאבחון ולטיפול המעצים”, שילוב התנדבות ומנהיגות ציבורית בעבודת נוער, התנדבות נוער בסיכון, מדיניות ופרקטיקה בטיפול בנוער עובר חוק, היבטים בין תרבותיים בעבודת נוער ועוד.
ד”ר נפתלי בעל תואר שלישי מבית הספר לעבודה סוציאלית באוניברסיטת תל אביב. לצד עבודתו המגוונת בתחום ארגוני המגזר השלישי פרסם ד”ר נפתלי שורה ארוכה של עבודות בנושאים שונים העוסקים בטיפול בנוער בסיכון ובנושאי התנדבות והחברה האזרחית. נשוי ואב לארבעה ילדים, וסב לשלושה נכדים. רעייתו , ד”ר תמנע נפתלי – רופאה גסטרו-אונקולוגית. מייק עוסק, כתחביב, בשיט תחרותי ובשיט בינלאומי.